1963年发表第一篇口腔学术论文
广东省口腔医脘积极开展临床研究，黄铭楷等人在《中华口腔科杂志》1963年、第9卷、第1期发表专业论文“氢氧离乎电解治疗慢性根尖周炎一治程疗法——附118例报告”。
1972年开始口腔种植动物试验
1972年，时任口腔矫形科主任的张开宜开始在猴口腔进行牙种植试验研究。拔除下前牙后，切除牙根，在牙冠内接驳金属钛钉，即刻植入拔牙窝修复缺失牙。
1974年开始口腔种植临床研究
1974年张开宜等人开始进行口腔种植临床研究，将钛钉种植体用于缺失牙修复，钛支架用于颌骨缺损修复。论文分别发表宁《中华口腔科杂志》1978年第2期和1982年第3期，这是国内最早研究钛材料应用于口腔医学的研究之一。
1975年成立口腔正畸科
1975年4月，童学荣从北大口腔医院正畸科进修学习返院，正畸科医生脱离口腔矫形科独立建科，广东省口腔医院口腔正畸科正式成立。现已发展成为华南地区最大、最早的牙列畸形矫治中心。
1980年成立口腔病理科
1980年黄泽明从广东省人民医院病理科进修学习返院，广东省口腔医院口腔病理科正式成立。
1983年在深圳设立分院
1983年开始实行“四手操作”
1983年在深圳分院开始实行“牙科四手操作”服务，并逐渐在全院推广展开成为治疗的基本要求。是国内最早开展“牙科四手操作”的口腔医院。
1984年迁址海珠区
为了给医院的发展提供更好的条件，1984年启动在珠江南岸海珠区江南大道南366号建立新院。新大楼落成前，医院门诊、住院部“蜗居”在宿舍楼里，在艰苦的环境下坚持为患者提供口腔诊疗服务。1985年5月，广东省口腔医院曾更名为“广东省岭南牙科中心”。 1986年10月，广东省岭南牙科中心恢复原名“广东省口腔医院”。
1990年起加强医务人员个人防护
1990年起要求医生接诊病人除穿工作服、戴工作帽之外，还必须戴手套，尽量戴防护眼镜，加强医务人员个人防护，加强口腔诊疗的无菌操作。
1990年成立儿童口腔科、口腔美容科、口腔预防科
1991年1月医院新大楼落成使用
1991年成立粵诚牙科技术开发有限公司
1993年《广东牙病防治》杂志创刊
1994年6月，牙周病科、牙体牙髓科、口腔黏膜科从口腔内科独立建科；口腔种植科从口腔修复科独立建科
1994年成立口腔种植中心
医院的特色专科----口腔种植中心，是国内首屈一指的口腔种植专科，每年完成种植修复病例达1万余例，业务量位居全国榜首，成功率98.7％；全院种植团队现有高级职称39人，共培养博士及硕士研究生近50名，每年在国内外核心期刊发表论文20余篇，是国内开展口腔种植最早、种植量最多、临床技术及科研力量最雄厚的口腔种植专科。是中华口腔医学会种植专业委员会副主委单位。
1995年7月，第一届华南国际口腔展在广州交易会举行。当时名为“广州国际口腔医疗设备及技术展览会”
自1995年华南国际口腔展创办起（目前有来自26个国家和地区750多家展商参展） ，医院每年作为主要承办单位之一同期举办华南国际口腔医疗技术研讨会，并获得巨大成功。2014年起增加到一百多场；研讨会， 邀请国内外150多名顶尖专家授课，与广大同行分享国际前沿、权威口腔临床医疗技术与资讯。
1997年实现“一人一机一灭菌”
为加强医疗安全，1997年引进卡氏消毒炉，临床科室添置大量高速涡轮手机，实现“一人一机一灭菌”
2003年9月院内文化杂志《风景线》创刊
2004年3月，建立广东省口腔医院番禺分院
2005年1月，成为南方医科大学（非直属）附属口腔医院
2000年，医院成为广东省首批40家国家级住院医师规范化培训基地
2000年，医院成为广东省首批40家国家级住院医师规范化培训基地；自2015年起基地每年招收100名住院医师规范化培训学员，每名学员培训3年；2017年3月，医院的全科、口腔颌面外科、口腔修复、口腔内科四个专业基地成为国家住培师资培训基地。
2008年11月，广东省牙病防治指导中心在广东省口腔医院挂牌成立。
2010年，牙周病科成为第一批国家临床重点专科。
牙周病科成为2010年第一批国家临床重点专科。医院紧跟国际牙周病学发展趋势，与口腔种植、口腔正畸等特色医疗资源进行整合，已建成目前国内最具规模的牙周病诊治、牙周专科医师培养和牙周病学研究的中心之一，拥有一支技术力量雄厚的专业队伍，使医院牙周病科成为疑难牙周疾病诊治中心。
2014年，医院成为国家医师资格考试实践技能考试及考官培训基地考试基地
2014年，医院成为国家医师资格考试实践技能考试及考官培训基地考试基地，承接广东省执业医师（口腔类别）珠三角地区考生的执业医师临床技能考试。
2017年5月医院成为广东省公共卫生创新平台一-重大疾病防治与干预技术创新中心。
2017年8月牵头成立包括全省13家口腔医疗机构为成员单位的广东省首个“口腔专科联盟”。
2017年9月挂牌“广东省口腔医学临床转化工程技术研究中心”。
2017年10月挂牌“广东省口腔医学研究院”围绕国家和区域口腔卫生事业发展需求，致力打造促进科技成果转化应用的高端平台,科研水平进一步提升。
2021年6月建立盘福院区,促进科研成果转化应用,构建口腔医疗发展新格局。
2021年6月召开划转学校以来的“第一次党代会”。
2021年12月通过三级医院等级评审确定为三级甲等医院。
2022年3月学校党委决定依托口腔医院建设口腔医学院。
2023年8月南方医科大学口腔医院科教基地在盘福院区正式建成启用。